《百合二重奏》 故事背景从拥有百年历史的女子音乐学院开始，玩家所扮演的女主角“宫藤神乐”从小就爱慕著堂姊“高屋宿弥”，并且在分开多年后重回音乐学院就读，正当宫藤高兴地以为能和就读同一所学校的高屋有所联系时，高屋却一反常态地冷淡，令宫藤伤心欲绝。不过宫藤老实的个性也认识许多好友，像是个性开朗的“幸村千穗”、有著暴君性格的“天野麻理”、个性文静的“二院琴美”、日本与希腊的混血儿“垣之内雅”等，这些美少女们个性鲜明，也让女主角的学院生涯显得多彩多姿，甚至激起女主角内心真正情感的涟漪。
游戏也加入了音乐互动关卡的元素，在音乐模式中，画面下方有音符从右边至左出现，音符上面有对应的键盘字母，只要抓准时机配合背景音乐按下按键，分数跟评价量表就会上升，如果和其他女角合奏，演奏得好的话还能获得对方的好感，大大拉近彼此的距离。
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