《异端审判官》采用了架空的地域和宗教设定，但主角的使命与我们在历史课程上了解到的差不多——抓捕、审讯并处刑异教徒和女巫，其内容与地球历史的差异在于：游戏中的异端可是货真价实的。
异端审判官的故事背景：一片名为Ultherst的土地遭受了神祇降下的三大灾祸——先是饥荒，再是瘟疫，最后天降火雨，背负罪孽与无辜的灵魂皆在这一山寨版启示录中受难，绝望的人们背弃了对于圣母教会的信仰，自甘堕落，屈从于恶魔的诱惑。天灾过后，王国与教会仍然幸存，审判庭为了对抗威胁统治秩序的异端而扮演了处刑者的角色——这也是玩家需要扮演的角色。
《异端审判官》讲述了，关于背叛、折磨、疯狂与残忍定罪的故事。玩家可选择的三个职业：圣武士、牧师和盗贼(实为没落的贵族)皆拥有各异且独立的故事情节，在用利刃、魔法和神迹对抗从坟墓中和地狱中爬出的邪恶势力的同时，玩家还要抓捕并审判自己的人类同胞——收集其罪行的证据，或是利用审判官的特权，令教会法凌驾于世俗法之上，通过中世纪的酷刑逼供，最终亲手将异端送上火刑架。
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