桐生一马、锦山彰和泽村由美三人在向日葵育幼院一起长大。《如龙》初代的故事从锦山杀害了想要对由美伸出魔爪的堂岛组组长堂岛宗兵,而桐生为其顶罪处开始。
10年后桐生出狱时,发现挚友锦山已经坐拥了自己的组,并听闻由美卷走东城会的100亿元后不知去向。为了追查详情,桐生与对他有养育之恩的风间新太郎重逢,不料风间却在谈话间遭到不明人士狙击。因此背负意图杀害风间未遂罪名的桐生,开始遭到东城会的追杀。
在以前结识的刑警伊达真的协助下,桐生着手调查真相,途中却在神室町街头遇见一位名为遥的少女,并得知她与凭空消失的100亿元之间的关系,以及在背地里暗自运作的锦山的诡计。在为了100亿元所展开的纷争中,对桐生而言无异于父亲的风间新太郎殒命,但桐生却因此获得了足以一窥事件核心的信息。
于是,他强忍悲伤走进藏匿着由美与那消失的100亿的千禧塔,击败在那里等候多时的锦山,成功解决了「凭空消失的100亿事件」。之后,桐生在继承「东城会第四代会长」名号的同时宣布退隐,并指名值得信赖的近江联盟寺田行雄为第五代会长,选择以一般老百姓的身份与遥一起活下去。
东城会的势力因先前的事件而转弱后,无法阻止关西的近江联盟涉足关东,最后甚至连第五代会长寺田行雄都因此丧生。当时亲眼见证一切发生的桐生,决定听取寺田的遗愿,和将担起下个世代东城会的堂岛大吾一起前往关西,《如龙2》的故事就此展开……
正当堂岛大吾为了解决此事,准备与近江联盟的乡田仁以五五对分的比例进行交杯盟约时,第五代近江联盟直属组织,第二代乡龙会会长乡田龙司却突然发难。原来,东城会与近江联盟之间的纷争,就是由「关西之龙」乡田龙司一手挑起的。
后来,桐生得知一连串事件背后有韩国黑帮组织——真拳派在暗中搞鬼,于是设法将其彻底摧毁。最后,为了对这场纷争做出个了断,他与乡田龙司正面对决。这场都背负着龙纹刺青的两人的对决,最后以桐生获胜作收。